遗传图谱构建
遗传图谱(genetic map)又称遗传连锁图谱,是遗传标记在染色体上有序排列形成的连锁图谱,依据分子标记在染色体上的重组值,将染色体上的各个标记之间的距离和顺序标志出来,绘制而成。
遗传图谱反映遗传标记在染色体上的相对位置和遗传距离。
产品参数:
样本要求 | 测序技术 | 测序策略 | 适用范围 | 项目周期 |
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F2、RIL、BC、DH >100个样本F1>150个样本 | 全基因组重测序 | 亲本≥10×、子代≥2× | 有参物种,适合基因组小且简单的物种 | 80天 |
简化基因组测序 | 亲本≥5×、子代1~2× | 有参无参均可,针对基因组较大的物种
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信息分析内容:
序 号 | 分析项目 | 类 别 | 分 析 | 备 注 |
1 | 数据过滤、整理及质量评估 | A | √ |
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2 | 数据质控 | A | √ |
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3 | 高质量数据获取 | A | √ |
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4 | 参考基因组整理 | A | √ |
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5 | 序列比对 | A | √ |
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6 | 序列比对结果概述 | A | √ |
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7 | SNP检测统计 | A | √ |
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8 | SNP 注释 | A | √ |
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9 | InDel检测统计 | A | √ |
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10 | InDel 注释 | A | √ |
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11 | 遗传图谱构建 | A | √ |
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12 | QTLs定位 | A | √ | 提供样品表型鉴定信息 |
A:标准信息分析 B:高级信息分析 C:个性化分析
分析结果展示
Nunes J R, Liu S, Pértille F, et al. Large-scale SNP discovery and construction of a high-density genetic map ofColossoma macropomum through genotyping-by-sequencing.[J]. Scientific Reports, 2017, 7:46112.