微卫星DNA(Microstatellite),又称简单重复序列(Simple Sequnce Repeat, SSR),指DNA基因组中1-6个核苷酸的简单重复序列。在各种真核生物基因组中广泛存在,多数以2~6个碱基为核心单位、串联重复排列的序列。
应用领域:
◇ 遗传图谱构建 ◇ 种质鉴定 ◇ 遗传多样性分析 ◇ 基因定位 ◇ 数量性状基因座(QTL)分析
产品参数:
测序平台及模式 | Illumina MiSeq, PE250 |
样本选择及数据量 | 1-5 个样,推荐1.0 Gb; 5-10 个样,推荐1.5 Gb; 10-20 个样,推荐2.0 Gb; 备注:不同样本分别提取DNA后等量混合建库 |
DNA样本量 | 总量≥1.0 μg,浓度≥20 ng/μl (总样本) |
项目周期 | 标准分析36天 |
交付指标 | 提供不少于100对引物(经过筛选后具有多态性的) |
参考基因组 | 有参、无参均可
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技术线路:
信息分析内容
序 号 | 分析项目 | 类 别 | 分 析 |
1 | 下机数据统计 | A | √ |
2 | 数据质控 | A | √ |
3 | 高质量数据获取 | A | √ |
4 | SSRs搜索结果及统计 | A | √ |
5 | SSRs模体结果及统计 | A | √ |
6 | SSRs聚类及结果统计 | A | √ |
7 | SSRs多态性评估 | A | √ |
8 | SSRs引物设计 | A | √ |
A:标准信息分析 B:高级信息分析 C:个性化分析
分析结果展示